Cílem dalšího zpracování je odstranit skořápku, dužninu, pergamenové slupky a získat tak čistá kávová zrna. Tento postup probíhá suchým (zrna nižší jakosti) nebo mokrým způsobem (zpravidla arabika).

Při suché variantě, tzv. východoindickém zpracování, se čerstvé bobule položí na kamenné podlahy a dva až tři týdny se za pravidelného prohrabávání, které má zabránit kvašení a fermentaci, suší na slunci.

U mokré metody, která je sice nákladnější, zato však dokáže lépe zachovat kvalitu kávových zrn, se používá speciální stroj, který z bobulí odstraní vnější dužninu. Tím vznikne slisovaná káva, která se v dalším stupni zpracování fermentuje (kvasí), tzn., že se enzymaticky uvolňuje zbylá lepkavá vrstva, která pokrývá pergamenovou slupkou obalené semeno. Takto upravená semena se dále suší na slunci a loupou až na „zelené bobule", které ještě nemají žádnou kávovou chuť ani aroma.

Bobule je nutné pečlivě vybírat a kontrolovat, aby se do balení dostala opravdu jen ta nejkvalitnější. Roztřízená a přebraná zrna se následně přepravují do pražíren na celém světě.